Eksik baskınlıkta bir karakteri belirleyen farklı aleller arasında baskınlık ve çekiniklik yoktur.
Bu iki alel bir araya geldiğinde farklı bir ara fenotip ortaya çıkar. Örneğin Endülüs tavuklarında siyah tüylülük geni (TS) ve beyaz tüylülük geni (TB) olmak üzere tüy rengini belirleyen iki çeşit alel vardır. Siyah tüylü bir Endülüs tavuğu ile beyaz tüylü bir Endülüs horozu çiftleştiğinde mavi tüylü yavrular (F1 kuşağı) oluşmaktadır.
F1 kuşağı kendi arasında çaprazlandığında oluşan F2 kuşağında siyah, mavi ve beyaz tüylü yavruların oluştuğu gözlenir.
Bu türde mavi tüylü olmayı sağlayan bir gen yoktur. Peki, yavrular nasıl mavi tüylü olmaktadır? Çünkü siyah ve beyaz tüylü olma alelleri eksik baskınlık göstermektedir. Bu genlerin bir arada bulunması (TBTS) farklı bir fenotipin oluşmasına neden olmaktadır.
Bunun dışında akşamsefası ve aslanağzı gibi bitkilerin çiçek renkleri ile sığırlarda kıl renginden sorumlu aleller arasında eksik baskınlık görülür.
